ガンダムシリーズ初の完全オリジナル劇場版。シリーズ1作目「機動戦士ガンダム」から続くアムロ・レイと宿敵シャア・アズナブルの最後の戦いを描く。宇宙世紀0093年、ネオ・ジオン軍の総帥として歴史の表舞台に返り咲いたシャアは、地球環境を汚染し続ける人類を粛正するため、小惑星アクシズを地球に落下させようする。アムロは自ら設計した新型モビルスーツ、ν（ニュー）ガンダムに乗り、シャアの企みを阻止するため戦う。